从整体上来看，新的《工作指引》调整、修改、完善了2008版《工作指引》的相关规定，对企业高新申请合规性的要求大大提高。其中，在需提交的认定资料中，增加了“近三个会计年度企业所得税年度纳税申报表（包括主表及附表）”。

此外，新的《工作指引》明确了在计算企业研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例时，销售收入的计算口径。《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）第十一条第五款规定企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例应符合要求。新的《工作指引》明确销售收入为主营业务收入与其他业务收入之和，主营业务收入与其他业务收入按照企业所得税年度纳税申报表口径计算。同时规定企业应按照“企业年度研究开发费用结构明细表”设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表。